От качества семян во многом зависит качество выращиваемых саженцев. В низкогорных районах Северо-Восточного Алтая и Западного Саяна сосредоточен наиболее ценный генофонд кедра сибирского. Лучшие семена – из этих мест.

Свежезаготовленные семена, не подвергавшиеся тепловой обработке, имеют высокую всхожесть. У семян, хранившихся год при комнатной температуре, всхожесть низкая.
Семена, пропущенные через шишкодробилки, имеют повреждения и загнивают в почве. Поэтому желательно для посева использовать орешки, извлеченные из шишек вручную.
Собранные семена сушат в проветриваемом помещении (не допуская их нагрева).

Семена кедра обладают глубоким физиологическим покоем, что позволяет им длительное время сохранять жизнеспособность в неблагоприятный период и обеспечивает в естественных условиях сохранение вида, так как прорастание орешков и последующее развитие всходов протекает в наиболее благоприятное время.

Для преодоления глубокого семенного покоя требуется стратификация (длительное выдерживание семян во влажном, хорошо аэрированном рыхлом субстрате, при пониженной температуре около 0˚С).
Были испытаны разные способы стратификации. Наиболее эффективным - признали осенний посев семян. Этот способ наиболее близок к естественному процессу подготовки семян к прорастанию в кедровой тайге. При осеннем посеве весной получали дружные ранние всходы.

Перед посевом семена 2 часа замачивали в 0,5 % растворе марганцовокислого калия, затем четверо суток - в воде комнатной температуры. Воду ежедневно меняли. Недоброкачественные семена, плавающие на поверхности воды, были удалены.

Для посева использовали лёгкую плодородную песчаную почву (смесь 3 частей компоста с 1частью песка). Для стерилизации почву пропарили. В первой декаде октября выполнили точечный посев на глубину 2 см. (размещение семян - 5х5 см). Поверхность почвы замульчировали свежими сосновыми опилками слоем 3 см.
После мульчирования провели обильный полив посевов. От птиц и грызунов семена были защищены деревянными коробами с металическими сетками. Всё это позволило избежать заболеваний всходов и обеспечило их сохранность.

Качественные семена весной дают дружные всходы (всхожесть более 90%).